Борис Чупахин родился в 1915 году в семье иркутских железнодорожников. Окончив семилетку, учился в школе ФЗО, три года работал помощником машиниста паровоза. Затем решил продолжить образование на рабфаке, а в 1936 году поступил в Иркутский горно-металлургический институт.
Преподаватели и студенты политеха уважали Бориса Чупахина, за плечами которого был производственный стаж, жизненный опыт. Он с большим интересом участвовал в художественной самодеятельности, был комсоргом группы. На следующий день после начала войны Борис Чупахин защитил диплом горного инженера. В армию его призвали 4 июля 1941 года.
Окончив курсы при Московской инженерной академии, лейтенант Чупахин отправился на Западный фронт. Он принимал участие в строительстве оборонительных рубежей под Москвой. В конце декабря 1941 года был направлен в Барнаул для формирование саперного батальона. Успешно завершив поставленную задачу, Борис Чупахин в должности начальника штаба выезжает на фронт.
В апреле 1942 года Борис Ефимович воюет в составе 21-го отдельного саперного батальона 8-й стрелковой дивизии 13-й армии Брянского фронта.
В 1943 году в наступательных боях за станцию Касторную старший лейтенант умело организовал создание проходов на переднем крае противника. Руководил разминированием на станции, показывая личный пример мужества и стойкости.
За проявленную храбрость в боях за Касторную Борис Ефимович награжден медалью «За отвагу».
В звании капитана принимал участие в боях на Курской дуге. 21-й отдельный саперный батальон 8-й стрелковой дивизии 13-й армии Центрального фронта обеспечивал боевые действия дивизии, которая находилась в первом эшелоне армии на участке д. Панская – д. Тросна в районе Ольховатка – Поныри.
5 июля 1943 года в 5 часов 30 минут под прикрытием огня артиллерии и авиации противник атаковал всю полосу обороны 13-й армии. Саперам пришлось устанавливать противотанковые мины под шквалом огня.
Здесь состоялось большое танковое сражение. Каждый советский воин стоял на своем участке насмерть. 26 июля ожесточенные бои шли в районе деревни Старое Горохово. Начальник штаба батальона капитан Борис Ефимович Чупахин был смертельно ранен. Похоронили его на окраине деревни, за которую он героически сражался (Старое Горохово, Глазуновский район, Орловская область).
