Размер
A A A
Цвет
Ц Ц Ц Ц Ц
Разрядка
ИИ И И И И
Изображения
нет Ч/Б Цв.
24 июня 2021 | неделя нечетная
16 марта 2015
Наука

Студенты ИРНИТУ и специалисты СИФИБР СО РАН создают программное обеспечение для АПК

Студенты Института кибернетики им. Е.И. Попова ИРНИТУ работают над созданием программных продуктов, которые автоматизируют процесс изучения физиологии растений. Проекты разрабатываются совместно со специалистами Сибирского института физиологии и биохимии растений СО РАН (СИФИБР СО РАН).

Как рассказал заведующий кафедрой автоматизированных систем Института кибернетики ИРНИТУ Сергей Бахвалов, 24 февраля-9 марта на базе Технопарка Иркутского технического университета состоялось инновационное мероприятие «SciеnceHack-2015» («Хакатон»). «Хакатон» призван объединить специалистов из разных областей науки для решения ряда технологических задач, а также создания совместных проектов. Интерес к «SciеnceHack-2015» проявили студенты ИРНИТУ и ученые из Объединенного совета научной молодежи Иркутского научного центра СО РАН.

«Иркутские ученые представили свои проекты в области палеогеодинамики, биомоделирования, трансляционной медицины, патофизиологии, геоморфологии и предложили студентам-программистам ИРНИТУ совместно решить конкретные задачи. В результате наши студенты Федор Малков, Никита Русецкий и Василий Туринцев вошли в состав двух команд и вместе с сотрудниками СИФИБРА СО РАН создают программные продукты. Ученые владеют уникальными методиками, а наша цель – подобрать для них при помощи цифровых технологий необходимый инструментарий. При успешной реализации проектов новые виды программного обеспечения можно будет с успехом применять в экологии, аграрной промышленности», - отметил С. Бахвалов.

Одним из совместных проектов, над которым трудится Федор Малков и ведущий инженер лаборатории физиологии трансгенных растений СИФИБР СО РАН Юлия Нурминская, касается изучения морфометрических параметров у трансгенных растений табака. За основу исследования берется цифровое изображение листа растения и подбирается программа, которая позволит автоматически измерять площадь листа, его длину и ширину и на основании полученных данных вычислять величину флуктуирующей асимметрии (ФА) листа – мельчайших отклонений от идеальной симметрии.

«Оценка величины ФА является одним из методов выявления признаков неблагополучия в популяциях, как растений, так и животных. Этот метод часто используют экологи, чтобы в комплексе с другими критериями оценить степень влияния антропогенных факторов на экосистему. Величина ФА довольно чувствительна и может увеличиваться при действии внутренних либо внешних неблагоприятных факторов, потому что считают, что она отражает мелкие флуктуации в работе генома. На данный момент изучение ФА является трудоёмким процессом, требующим высокой точности и аккуратности исследователя. Задуманная Фёдором Малковым программа позволит автоматизировать сразу несколько этапов этого процесса. Это удешевит и ускорит исследование за счёт сокращения времени, которое требуется на замеры и проведение расчётов", - говорит Ю. Нурминская.


.

Как признается студент пятого курса ИРНИТУ Федор Малков, он только приступил к решению поставленной задачи. На данном этапе решает проблему выделения контура листа растения из изображения с прочими объектами (линейка, штативы, цифровой шум). Для этого студент работает с различными графическими языками программирования и библиотеками.

«Физиология растений - достаточно новая для меня тема. Ранее сфера моих научных интересов была направлена на взаимодействие археологии и информационных технологий. Однако я рад, что ИРНИТУ и СИФИБР СО РАН предоставили мне уникальную возможность внести определенный вклад в развитие биологии. Я планирую с данным проектом принять участие в инновационном конкурсе по программе «УМНИК», - признается Ф. Малков.

Кроме того, студент работает над решением еще одной важной задачи. Он рассчитывает биофизические параметры биологических мембран путем получения данных об интенсивности флуоресценции по каждому пикселю изображения в виде матрицы (например, в текстовом файле). Нужно выполнить соответствующее извлечение данных из графических файлов изображений, полученных на конфокальном микроскопе LSM 710. Такой подход к изучению мембран клеток растений также облегчит работу биологов. Над этим проектом Федор Малков работает со студентами первого курса Института кибернетики Никитой Русецким и Василием Туринцевым. Руководит исследованиями научный сотрудник лаборатории физиологии растительной клетки СИФИБР СО РАН Вадим Нурминский. В настоящее время уже проведена конвертация изображения с микроскопа в «dat» файл.

Ольга Балабанова

Пресс-служба ИРНИТУ приносит свои извинения ведущему инженеру лаборатории физиологии трансгенных растений СИФИБР СО РАН Юлии Нурминской за допущенные неточности в материале, опубликованном 16 марта 2015 года. 20 марта в текст были внесены корректировки, согласованные с ней. Настоящий текст считать достоверным.
март
2015
пн
вт
ср
чт
пт
сб
вс
1