• Институт авиамашиностроения и транспорта
• Институт недропользования
• Институт экономики, управления и права
• Институт энергетики
• Институт лингвистики и межкультурной коммуникации
• Институт заочно-вечернего обучения
• Институт высоких технологий
• Институт архитектуры, строительства и дизайна
• Байкальский институт БРИКС
• Институт квантовой физики
• Институт информационных технологий и анализа данных им. Е.И. Попова
• Институт "Сибирская школа геонаук" (Siberian School of Geosciences)